蓝星大陆遭受磁场风暴，导致环境剧变，灵气复苏。在天地灵气的滋养下，人类和动物的各项身体机能被无限激发，历经漫长的岁月洗礼，形成了灵兽和人类常年对峙，争夺生存空间的紧张局面。为了保护家园，人类不断发展科技与新型修炼体系，成立作战联盟，大力培养战斗型人才。少年凌天是初级学府琼海战校年轻一辈中的佼佼者，他拥有罕见的古神血脉，身怀神秘至宝“神脑”。一天，凌天从来自未来的助手炎灵口中，得知了三年后，大陆将面临一场重大劫难，自己也会在这场劫难中壮烈牺牲。自此之后，凌天为了人类的未来，听从炎灵的建议，决心在三年内修炼至巅峰境界，改变一切。
故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
