真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
It’s the dawn of a new season of Futurama!
贫苦的侦探镝矢惣助，遇到了操纵魔法的异世界皇女莎拉。惣助开始了与莎拉的同居生活，莎拉很快就习惯了现代日本。另一方面，在莎拉之后被转移的女骑士莉薇亚，在流浪的同时，过着令人惊喜的生活。向前稳定生活的两个异世界人，不仅影响了惣助，也影响了鬼畜律师、分手公司工作员、宗教人士与住在这区的怪人们……
