真新镇的少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的资格。10岁的少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。小智因为早上赖床迟到，险些失去挑选神奇宝贝的资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，虽然长相可爱，但性格含羞内向却又不亲近人类，稍有不满就乱放电电人，暴躁的脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。在小智和皮卡丘的前方，神奇宝贝的世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？
時は天保十一年（1840年）。大飢饉により人心が乱れた世において、鬼が人の姿に化け、戯れに人をたぶらかすようになっていた。 江戸の街から遠く離れた山間の集落?葛野（かどの）。この集落に、甚太と鈴音という兄妹が暮らしていた。幼い頃に、ある理由から葛野に来たよそ者の二人だったが、皆に受け入れられ仲睦まじく日々を過ごしていた。 集落には、「いつきひめ」と呼ばれる巫女がおり、成長した甚太は巫女の護衛役を務めるように。そしてある日、甚太は鬼の討伐に赴いた森で、遥か未来を語る不思議な鬼に出会う―― 巫女の護衛役として死と隣り合わせの甚太、その身を心配しつつも健気に明るく兄を送り出す鈴音、巫女「いつきひめ」として責務を果たす中、鬼に命を狙われる白夜。三人の運命の歯車が重なり、そして狂う時。人と鬼、長きに渡り時代をも巻き込む大きな災いが降り注ぐ。 江戸から平成へ。刀...
