1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……
这是和数个怪异交织在一起的微不足道的友情和别离的故事。 返老还童的怪异“月读的变若水”，绝对不能读出声来的“异界之歌”， 来路不明的书不知不觉间排列在书架上“逆偷盗的本”， 神隐的实况记录报告“仙境异闻”···首都范围内的某个中心车站， 这个小镇究竟在发生著什么…… 残留在令和世上最后的迷宫， “现代怪异”的mystery 志愿成为不足为道的小说家， 绪川董子和搭档的童颜细目的魔少年化野莲发起了挑战! 追求的是超自然知识和体力的胜负。 在解开这个小镇涌现出的数个怪异的二人前方等待的是…
