工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！
再次相聚，重回银河系展开全新冒险！
以拯救蓝星为目的被制造出来“最强胚胎”品翔，被寄以厚望，将在被设定好的时间设定好的地点设定好的足球比赛中，一脚拯救世界！可他点错天赋，熟练的掌握了各种无关紧要的技能，除了足球......
讲述了从玉叶妃怀孕开始后宫内势力图的变化，重镇、子昌的女儿、楼兰妃、壬氏的生命被威胁的事件，被认为是该事件主谋的翠苓的失踪等。
