突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
在广袤无垠的蛮荒仙界，修仙文化盛行，凡人皆以成为修士为荣。大学生陆航之从现代穿越而来，成为紫云镇上的一介凡人小厮，每天过着如履薄冰的日子，但他不肯认命，一直努力上进，想要摆脱现状，力争上游。后来，因为一次善举，他得到朱府大小姐朱抚琴和其师兄冷无涯的赏识，被招入朱府接受考验，若能通过，就可获得拜入玄心宗成为修士的机会。陆航之把握时机努力做事，认真完成朱抚琴交代的所有任务。在此期间，他偶得意外机缘，凭借五百年份的灵果，提升资质，备受朱抚琴重视。朱抚琴觉得引陆航之入玄心宗能为自己增加助力，便给予多番援手，助其快速成长。陆航之也不负所望，通过不屑努力，最终通过考验，成为玄心宗外门弟子。然而，这仅仅是一个开始，陆航之的志向远不止于此，他想要更进一步，只有晋升至内门弟子，才能获得更多资源，确保拥有足够实力站稳脚跟。
