六千年前，魔神皇枫秀与七十二根魔神柱从天而降，所有生物沾染魔神柱散发的气息，立刻会变异成魔族生物，人类随之进入黑暗年代。随后，人类强者自行组织六大圣殿，阻挡魔族前进的脚步，逐渐形成人魔共存的局面。 主角龙皓晨，为救母加入六大圣殿之一的骑士圣殿成为一名骑士，在一步步成长冒险中，奇遇，诡计，命运般的爱情与友情不断在他身上上演。龙皓晨坚守骑士精神，通过自己的人格与努力，赢得他人认可。他先是与六大圣殿其他天才少年组成“1号猎魔团”对抗魔族，为人类的生存与尊严奋战。同时不惜献出生命，守护自己的伙伴与最珍贵的爱人。而世界的局势变化难测，更多的阴谋在酝酿，更深的秘密也等着他却揭开。 而最终龙皓晨是否能赢得神印王座的认可，登上骑士圣殿的最高荣耀，同时他又是否能面对所有真相揭开的那一刻，化解整个世界最大的危机，一切都有待揭晓。
在未来，邪恶的天网率领着宇宙大军想要统治地球，司徒乐率领人类顽强抵抗，天网的部队节节败退。为了扭 转局势，天网派出大量怪兽回到过去，誓要把司徒乐扼杀在童年时期。在屡屡失败之后天网决定亲自回去收拾司 徒乐一行人。天网设下圈套，把司徒乐和钢铁飞龙送进《山海经》中的异世界，并驾驶亲手打造的机械山海怪兽，对司徒乐 他们发动猛攻。孤立无援之际，司徒乐和钢铁飞龙从《山海经》残页中发现了一股神秘的力量，并在这股力量的 帮助下召唤出了全新的山海神兽机甲。面对险象环生的山海世界，司徒乐和钢铁飞龙驾驶着全新的神兽机甲，一 次次击退了天网的怪兽，踏上了漫漫回家之路。乐乐与扶桑一战，出现了与现实世界中，跟丁佳宜极为相似的角色，危急情况下，救下乐乐，并触发了某种能 量，让钢铁飞龙5个机器人成功合体。打败扶桑的同时，也为下半部的故事发展留下悬念。
故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变（也解释了两系列风格不同的原因）。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。 值得一提的是，本次两派领袖 擎天柱 和 威震天 的配音者是久违的梦幻组合：来自初代动画的 Peter Cullen 和 Frank meijubar.net Welker！他们在阔别电视版的变形金刚作品多年后，再次一起回来共演这双经典的死对头！
