突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
天才少年萧炎曾是万众瞩目的家族希望，却因斗气尽失无法修炼陷入人生低谷。自幼与萧炎定下婚约的纳兰嫣然被加玛帝国超级宗门云岚宗收为弟子，纳兰嫣然不满萧炎现状来到萧家强行退婚，萧炎为维护家族荣耀与她定下三年之约。萧炎拜师药老重拾信心，为尽快提升实力决定外出历练。萧炎告别父亲萧战与青梅竹马萧薰儿，踏上了一段惊险刺激的修行之旅。因自身功法特殊需要吞噬异火进阶，萧炎来到危机重重的塔戈尔沙漠探寻异火线索。
