这是一场在瑰丽奇幻的思量岛上发生的关于阴谋与救赎的故事。从主角镜玄探寻父母逝世真相的事件切入，一步步揭开思量岛上的秘密往事，同时展现了一群年轻人为了各自的人生目标努力蜕变成长、挣脱枷锁的故事。
東京奪還編、開戦。 謎の少年?スティグマ率いる“アマラリルク”との戦いを経て少し成長したシャイ。 日本に戻ってきた彼女が出会ったのは、忍者の里から家出中という少女?天王寺曖だった。 彼女は“アマラリルク”の一員を追って里を出てきたとシャイに告げる。 そんな中、東京が突如黒球に包まれて消失する事件が発生。ヒーローたちは東京を救出するため出動するーー。
