喧嚣嘈杂的东京，都市人为了生计奔波劳碌，承受着巨大的压力，当一切逼近极限时，悲剧不可避免地上演。 美丽安静的鹭月子凭借小狗娃娃麻露美成为炙手可热的设计师，与此同时她也遭遇来自同行的妒嫉以及下一次创作的瓶颈。在一次夜归途中，月子受伤住院，她声称遭到一名手持弯曲金属球棍、脚蹬黄金滑轮的少年的袭击。在此之后，“球棍少年”的袭击案件不断发生，警官猪狩和马庭介入调查，发现受害者在遇袭前大都承受着巨大的压力。不久，“球棍少年”落网，看似一切终于要告一段落，然而整个事态却朝着更加糟糕的方向发展。社会上遇袭事件越来越多，“球棍少年”也成为令人费解的谜团……
突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决定遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，准备驾驶EVA初号机迎战使徒。 不断袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己能力的挑战。而碇元渡不动声色地观察一切，一个称为“人类补完计划”的神秘计划正在按照他的计划实现。
