边境缉毒警齐思宇接受上级任务，单枪匹马来到边陲小镇，卧底调查新型毒品蓝色妖姬的来龙去脉。齐思宇凭借身手获得毒贩轩哥信任。轩哥此时正与境外毒贩接触，准备交易大量蓝色妖姬，但手下乌鸦怀疑齐思宇的身份，接二连三做局，都被齐思宇逐一化解。在交易过程中，乌鸦露出真面目，与境外毒枭串通，企图取代贩毒集团老大的位置。齐思宇巧妙联系警方领导，在双方火拼时将其一网打尽，并销毁了所有跨境而来的新型毒品蓝色妖姬。
进队不久的缉毒警成杰在抓捕毒贩时被咬疑似感染艾滋病，队长刘云飞接到通知江城会有一场大的毒品交易。在抓捕毒贩破除成杰感染艾滋病同时，嫌疑人于长蒲进入警方视线。经查于长蒲只是被利用，而幕后毒枭是矿主杨江。
清雍正元年，大将军年羹尧平息青海叛乱后回到京都。皇帝担心握有军权的年将军功高盖主，以莫须有罪名赐死这位战功显赫的大臣。皇帝的心腹肃仁亲王接受密令，率领御林军统领常玉岗等深夜围攻年府，欲满门抄斩。常玉岗钦佩年将军，愿冒死违抗圣命救出年家后代年戟、年霞飞。年将军夫妇将一对玉蝴蝶挂在两个孩子的胸前，作为成人后兄妹相认的证物，然后夫妻二人饮毒酒而死。常玉岗救出年家后代，杀出重围，逃离京都，一路南下。肃仁派大内高手血滴子步步追杀，欲斩草除根。在武当山，霞飞姑娘从悬崖上跌落，常玉岗只得带年戟逃往嵩山少林寺，后又被发现，只好辗转到泉州。慧空和尚善用笑拳，击败了前来追杀的血滴子，把他们护送到南少林，常玉岗也脱俗为僧。年霞飞在悬崖下被武当门人静姑搭救，从此在她手下学习武艺。雍正十三年，皇帝得知年家后代未除，命大内总管冠平山督促肃仁亲王尽快剪除后患。肃仁、冠平山乔装平民查访年家后代。肃仁之女婷玉也在武当山静姑门下学艺，与年霞飞是师姐妹。肃仁用圈套收霞飞为义女，霞飞不明真相，与婷玉一起为清廷效力。在南少林，法云大师向年戟讲了他的身世。年戟报仇心切，只身入肃王府，因被婷玉、霞飞发现，报仇未成，只得又返回南少林。肃仁通过密探得知年戟下落，随即发兵围剿南少林，把众僧团团围住，企图一举全歼。法云大师、年戟等人力战众清兵。法云大师不幸中暗器而死，年戟也被霞飞、婷玉追至宝塔内。正当年家兄妹杀得难解难分时，一坐禅老僧走下佛龛制止，指着他们胸前的玉蝴蝶讲明了他们的身世和兄妹关系，兄妹相认。婷玉也因痛恨父亲肃仁杀害忠良，表示愿和他们共患难。肃仁与年戟拚杀，婷玉飞身制止，并谴责其父。这时，冠平山向婷玉飞来一毒刀，误中肃仁，肃仁临死前大骂雍正，婷玉等人和赶来相救的常玉岗等人共同杀死了冠平山。这时，南少林的僧人已被清兵杀得所剩无几。年戟、霞飞、婷玉等遵师命出海，以图来日报仇。
影片讲述了康熙年间，天下时局动荡，内有吴三桂、耿精忠、尚可喜三方分裂势力蠢蠢欲动，反清复明情绪也暗流涌动；外有倭寇觊觎中华宝藏，趁乱混入中原。在国家内忧外患之际，少林义士洪熙官横空出世，并毅然加入天地会，为推翻残暴的统治，驱逐侵华倭寇，保卫家国而奉献自己的力量。
