第四季讲述海军驱逐舰Nathan James的舰长Tom Chandler（Eric Dane饰）卸下自己的英雄身份及职责，与家人隐姓埋名住在希腊一个小渔村里；此时Slattery（Adam Baldwin饰）及船员发现病毒虽然没法感染人类，但却变种成能感染全球的粮食作物，令人类面临全球性的饥荒危机。

　　TNT在推特发布正式确定《The Last Ship》第二季将于2015年6月21日 星期日在TNT回归
　　《末日孤舰》第二季将有13集，比第一季多了三集

　　本剧制片人是大名鼎鼎的迈克尔·贝。故事根据同名畅销小说改编，主人公是美军驱逐舰内森·詹姆斯号。当一场全球性的大灾难（注：在原著中这场灾难指的是美国和前苏联之间的全面核战争）抹去地球上绝大多数人口后，这艘战舰因为所处的位置特殊而逃过一劫。现在船上的人不得不面对一个新的现实——他们可能是这个世界上为数不多的幸存者之一，他们在这个世界上的位置和以前已经完全不一样。

　　约翰•波特（John Porter）回来了，而这一次他处在一个前所未有的困境中。
　　20号分部是一支训练有素、久经沙场的新团体。由获得过银紫荆星章的英国中士迈克尔•斯顿布奇，和前美国三角洲部队突击队成员达米恩•斯科特组成。他们受命于雷厉风行的上校埃莉诺•格兰特，要追捕一个危险的，难以捉摸的恐怖分子和化解一个可能引发战争的阴谋.
　　为了跟踪臭名昭著的拉蒂夫，约翰•波特已经被派去做卧底两个月了。上校埃莉诺•格兰特再次听到他的消息是在一段恶心的被俘广播中。
　　斯顿布奇和他的队友搞了个突然袭击，但是拉蒂夫还是早了他们一步，他们的营救计划失败了。拉蒂夫将处死波特，所有20号分部的成员们只能眼睁睁的看着悲剧发生。但是，在波特美国朋友达米恩•斯科特——唯一见过拉蒂夫的官员的帮助下，20号分部发现了波特临终前留下的线索。