电影分为三个故事。
　　《鬼屋》：小周（思维 饰）、小李（王钟 饰）和小王（刘陆华 饰）三人初生牛犊不怕虎，竟然决定到一间传闻闹鬼的屋子里待上一夜，哪知道正是这一夜，让他们的人生走上了无法逆转的悲剧道路。
　　《白骨无情》：张松根（林伟图 饰）的母亲（红薇 饰）去世了，临死前，她告诉儿子自己会回到他身边陪伴他。果不其然，之后的每一天，张松根都能在家中看到母亲的鬼魂。
　　《古之色狼》：书生宋礼和老管家结伴上京赶考，哪知道宋礼好色的习性不改，非要留宿于墓地之中期盼能够遇见美艳女鬼，可惜女鬼没遇到却遭到了一顿毒打。之后，宋礼又遇见了砍柴人，哪知道砍柴人貌似忠良无害，却是取人性命的僵尸。

　　1966年，从新加坡返回香港想忘掉过去的周慕云（梁朝伟 饰）住进东方酒店的、同他曾经熟悉的数字2046只差一号的2047号房，开始了他的卖文生涯。眼前、曾经在他身边出现过的一个个女人（章子怡、王菲、张曼玉、刘嘉玲等 饰）经过他大脑的过影后，令他对时空产生疑惑，不但忘不了过去，一幕幕往事反而更加挥之不去。
　　为了与过去作更好的告别，他将生活的点点滴滴化为文字，写下小说《2046》（说只要搭上了前往2046的列车，人们就可以找回失去的记忆）。

　　车夫张大胆（洪金宝 饰）自称胆识过人，神鬼不怕，经常与别人打赌练胆。某天他提前收工，发现老婆（梁雪薇 饰）与别人私通，而对方竟是大胆的雇主谭老板（黄蝦 饰）。谭老板为掩盖真相，派师爷（太保 饰）寻茅山道士钱真人（陈龙 饰）设坛杀害大胆。
　　钱真人设下圈套，借打赌之名将张大胆诱至马家祠堂，施法唤出僵尸追杀大胆。钱之师弟许真人（钟发 饰）不满师兄图财害命、伤天害理恶举。他暗中协助大胆，使之最终逃过此劫。然而谭老板祸心不死，一计不成，再施一计，非置大胆于死地不可……

　　研习堪舆学的阮姓（秦沛 饰）与卫姓（元奎 饰）师兄弟找到龙穴霸王卸甲，若死后埋葬于此，定可兴旺后人。阮欲归葬此地，但卫看出该穴虽佳，却可引起血光灾难，因此力劝师兄放弃。师兄弟言语不和，大打出手。阮得偿所愿，归葬权穴，重伤的卫归葬智穴，并助好友王占得财穴。
　　二十多年后，卫的儿子卫斯理（钱嘉乐 饰）辗转来到美国洛杉矶，凭借过人才智制造电脑病毒，引起巨大混乱。他的举动引起王的后人注意，王家凭借财穴荫护，开创电脑王国，但今年事业滑落。最终得知，龙穴风水二十四年后势必逆转，必须将先人坟茔挪往他所访的幸免。王氏后人助卫斯理解围，并邀其同赴龙穴所在地——加里南……

　　五胡乱华时代，西蜀兵探子狄明奇（元彪 饰）幸得南海派丁引（郑少秋 饰）相救才没误入魔教，见丁引武艺高强，他大力劝其挺身而出救助天上苍生，并想拜其为师，遭丁引拒绝。丁引师弟昆仑派掌门人晓如（刘松仁 饰）在与魔教护法的打斗中被血魔附身，丁引决定带他到瑶池仙堡疗伤。
　　因丁引是能让堡中冰焰 不灭的有缘人，正在闭关修行的堡主（林青霞 饰）出关救下晓如。而丁引不慎被血魔所伤后，堡主却因救晓如耗尽元气无力救助，只能将冰镜打破，冻住血魔，但众人也皆被冰封住，仅有狄明奇、晓如徒弟一真（孟海 饰）与仙堡女弟子（李赛凤 饰）逃脱。为普救天下苍生，三人决定到天刀峰寻找李亦奇女侠（翁倩玉 饰）与紫青双剑。

　　孟加拉（陈百祥 饰）和罗拔（陈山河 饰）是公司里的新人，简天伟因为老板提拔自己的女儿简美芝（郭秀云 饰）为总经理而深感不满，于是请来了各路牛鬼蛇神将公司上下搅得一团糟。孟加拉暗恋着简美芝，而罗拔亦喜欢着女职员叶灵（邱淑贞 饰），两人为了爱人心甘情愿的留了下来。
　　公司主任请来了两位法师，教大家斩妖除魔之术以对付公司里的恶鬼，就这样，一行人开始了训练。为了整顿训练营内的风气，两位法师命令男女学员分开训练，如有过界则会变马变鸡。然而，血气方刚的年轻人们哪里能够自控？经过重重的努力，孟加拉等人终于打败了公司内的恶鬼，哪知道心有不甘的简天伟请来了法力更加高强的女妖助阵。

　　公元337年的东晋时期，门第风气极盛，三品官家祝氏为了巩固朝中地位攀附权贵，将独生女儿祝英台（杨采妮）许配马氏太守，因为担心无心向学的女儿失礼于人，遂叫她女扮男装来到书院好好进补，因书院均是男儿，祝氏夫人（吴家丽）拜托院长夫人对爱女特别关照。
　　在书院，祝英台结识出身贫寒但苦心向学的梁山伯，因情义相投，两人相交甚笃，日日相对中，祝英台的女儿身被梁山伯识破，两人相爱。自此梁山伯更加发奋读书，期望取得功名后将祝英台迎娶进门，然而门第的隔膜终难消除。

　　一场阴差阳错的谋杀案，牵连了一栋大厦里多个无辜的人。
　　失恋女（莫文蔚饰）在七月半被男友抛弃，于是把自己关在房里，不断往楼下扔东西发泄。两个心怀鬼胎的保安也在此时酝酿打劫大厦的计划。一对夫妇突然间不见了儿子，遂请求保安队长（李力持饰）帮忙。队长进入二人家中却发现了另一桩与死去老妇有关的凶案。而此时失恋女发现了站在楼道口对着一盆花说话的神秘黑衣人（周星驰饰）。队长发现了夫妇谋杀老母亲的事实，遂被追杀。而此时老母亲的鬼魂前来索命终被黑衣人制服。而夫妇也最终被黑衣人制服后坠楼身亡。含恨的厉鬼就要来索命，牵连该事件的若干人无奈之下只有与神秘的黑衣人合作......

　　保险公司调查员古志明（谭咏麟 饰）在雨夜赶回家参加和婚期妻Ivy（叶童 饰）订婚四年的庆祝，不巧雨天路滑，古志明险些撞到一名红衣女子……Ivy为人脾气火爆，古志明虽有不满也只得忍受，当夜古志明胞弟玩起了碟仙游戏，与此同时，名叫张小瑜的红衣女子不慎失足坠楼身亡，正在进行中的碟仙游戏恰好收到了张亡故的信号。次日，古志明奉命调查张小瑜死因以便进行理赔，岂料连串怪异现象在古的身边发生。在古志明和Ivy的关系日益紧张之时，女鬼张小瑜现身古志明家中，申明自己并无恶意，只希望得到保险金赠送邻家女童，而古志明的领导却示意此案按照自杀处理以免去赔付。张小瑜出现的频率愈发增加，而古志明对这位乖巧的女鬼渐渐产生了情愫……

　　小诗 ( Kris Aquino 饰 )养有一只可爱的大狗Magic，Magic从小就跟着小诗一起生活，他们的感情十分好。这次，小诗要到美国探亲，没办法带着Magic一同前往，于是只好委托男友阿杰帮忙好好照看Magic。阿杰表面上十分乐意，可是小诗走了之后，他马上招来一群猪朋狗友来家里作乐，根本不管Magic。无人照看的Magic跑了出去，半夜，迷路的Magic跑到了开心鬼（黄百鸣 饰）的神庙。看到风吹倒了蜡烛神台着火，聪明的Magic跑上去扑灭了火苗。为了感谢它的救命之恩，开心鬼显灵并用施法令Magic变成了人，但限期只有49天。变成人之后的Magic不会说人话，动作习性还是和狗一样，因而笑料百出。人模狗样的Magic在这49天内会有什么不一样的经历？

　　春秋战国时期，一向昏庸好色的齐宣王（梅艳芳饰）误闯夜叉山，碰上了美丽的寨主钟无艳（郑秀文饰），齐宣王决定把钟无艳娶为皇后，可是一直倾心于钟无艳的“狐狸精”（张柏芝饰）出手阻挠，只要钟无艳爱上其他的人，脸上便会无缘无故多出一块难看的红斑。狐狸精后来化身夏迎春勾引齐宣王，齐宣王终日沉醉温柔乡。而钟无艳为了夫君出生入死、南征北战。齐宣王只会有事求助于钟无艳时才好言相向。齐宣王十分好赌，竟然把钟无艳作为作为筹码输掉了，钟无艳愤怒离开，脸上红斑也自然消失。夏迎春得逞后也离开了皇宫，齐宣王才发现自己最爱为何人，浪子回头。在受到叛徒攻击时，还是爱着齐宣王的钟无艳，赶到了皇宫，帮忙驱走外敌……

　　传说远古一段不为人知的时间。无间道长风烛残年，但为镇魔伏妖长年累月驻守青峰山，守住魔洞出口。十年之约来临，黑将军现身与无间道长大战数十回合，虽然难分高下及胜负，但却两败俱伤，黑将军因元气大伤而化为婴孩，无间道长内伤下亦知时日无多，就将毕生功力传授随身爱徒无邪，并要无邪将婴孩抚养成长，归入正派，重整神剑门。数年后太子夜视天象，见天有异像，急召神剑门无邪出征灭魔并派朱雀，玄武随行。在众门徒长老反对下无邪坚持带住师弟无界前往青峰山，一来见识外界，二来作一个考验，看无界是否有魔之缘，无界虽然是魔之子，长大后人品纯良不爱学武却爱学医。路途遥远惊险，邪魔的吸引连场激斗对无邪无界是一个挑战。前往青峰山脏洞，鬼泉镇是必经之路。鬼泉镇荒凉无人，无邪无界，朱雀及玄武决定在鬼泉镇渡宿一晚，明早再入青峰山，暗黑邪王终于出现，并掳走无界……

　　金轮国王妃（叶玉卿 饰）与表哥欧阳锋（梁朝伟 饰）有染，为霸占江山，他们毒死了国王，但没找到传国玉玺。得知玉玺在前往九宫山找寻其师父求助的三公主（林青霞 饰）手里后，欧阳锋企图抢到手但没成功。糊涂国师（张曼玉 饰）在淫威下屈服，查出三公主的具体下落，欧阳锋乘火箭金靴追赶 ，却误脱落一只插死刚出关的王重阳（钟镇涛 饰），奄奄一息的王重阳恳求适逢路过的三公主找到其师弟周伯通（刘嘉玲 饰）代为报仇。逃到九宫山的三公主邀得师弟黄药师（张国荣 饰）与师妹（王祖贤 饰）相助，再加上前来寻找表妹的洪七（张学友 饰）、找到真心人才能成仙的段智兴（梁家辉 饰），一场与欧阳锋的生死恶战蓄势待发……

　　哑女阿雪（官恩娜 饰）心地善良，五天后即将和未婚夫阿杰（周俊伟 饰）举行婚礼，然而却意外死于车祸。天使米高可怜阿雪，暗助她重回人间，直到婚礼完毕。死而复生的阿雪更加珍惜和阿杰剩下来的日子，虽然如此，她每日仍然坚持到儿童医院去当义工，米高暗中帮她拍下一些生活片段，希望能留给阿杰一些美好的回忆。阿杰的上司Eva十分欣赏阿杰的作曲才华，几番努力终于帮阿杰的歌曲争取到出版的机会，并乘机向阿杰表明心迹，遭到阿杰断然拒绝。阿雪得知后觉得自己是阿杰的负担，央求Eva帮阿杰录制新歌后，悄悄离去。

　　南宋是一个人妖难分的时期，法海和尚（赵文卓 饰）到处收服妖精，也扰乱了在西湖底修炼的白青二蛇。青（张曼玉 饰）曾获白（王祖贤 饰）相救，二者便以姐妹相称。姐妹俩受惑佯装成人生活在民间，白更嫁于老实书生许仙，青也同时看上了许仙，便常常以媚态勾引许仙，无奈许仙只深爱白一个。白开设了药店，以为可以自此过上安定的生活，可许仙却受不了青的百般挑逗，更发现了青白二蛇的真实身份，可他却不舍得离开家中的天姿国色。法海得知了青白二蛇的下落，更抓走了许仙。原来白为了爱情放弃修成正果，更怀有了身孕。为了救回丈夫，二蛇与法海展开了搏斗……

　　茅山弟子傲天龙（林正英 饰）与大黄（郑则士 饰）同时爱上了师傅的掌上明珠梦梦，师傅临终前设局考验二人谁更真心，大黄用计赢得了师傅的信任。虽然梦梦倾心天龙，无奈父命难为，天龙于是愤然出走。一晃十八年过去了，大黄和梦梦的儿子连高（金少龙 饰）已经长成英俊少年，而天龙的女儿凝红（黎姿 饰）也成年。天龙父女俩这天回家乡探亲，半途上遇到红袍火鬼为祸人间。天龙费尽九牛二虎之力将其收伏，关在鬼笼内。
　　回到家乡，大黄和天龙两师兄弟心里还是有隔阂，互相敌视。连高无意中放出了火鬼，此时的火鬼法力大增，天龙和大黄都已无法独力应付。为了对付火鬼，二人终于抛开成见，再次合作。

　　Athena是一个香薰班的导师，内心充满了丰富情感。她每天都过着十分落寞的生活，每天都是同样的一个模式，每天都会买一个气球写上并放飞自己的心情。有一天她洗澡的时候听到了楼顶上的巨响，看见了一个有翅膀的庞然大物，原来是个受伤了的天使（金城武 饰）。天使需要每天靠爱来维持生命，Athena便每天带着他穿梭在城市中。天使也知道原来Athena一直闷闷不乐是因为她一直牵挂着死去的前男友，天使也决定帮她找回快乐与朝气。
　　天使得知，在千禧年来临的子夜弥撒中，梵蒂冈的圣门会打开，天使便可以回到属于自己的地方，他请求Athena带他到梵蒂冈……

　　因为擅自干涉了人间之事，黄大仙（林正英 饰）被王母娘娘贬下人间，投胎转世成为了一个叫黄初平的男孩。黄初平是刘家的羊倌，和刘家的侍妾小兰（郁雯 饰）情投意合慢慢走到了一起。一直觊觎小兰美貌的少爷因此常常针对为难黄初平。
　　在观音娘娘（黎燕珊 饰）的指点和帮助之下，黄初平开始了他的漫漫修为之路，一晃眼多年过去，修为大有长进的黄初平决定踏上普度众生的旅途，他和小兰就此别过。一路上，黄初平帮助了许许多多受苦难所困扰的凡人们，旱灾肆虐，黄初平甚至不惜将自己的血幻化成雨水滋润干涸的大地。最终，黄初平得道成仙返回了仙界。

　　至尊宝（周星驰 饰）被月光宝盒带回到五百年前，遇见紫霞仙子（朱茵 饰），被对方打上烙印成为对方的人，并发觉自己已变成孙悟空。
　　紫霞与青霞（朱茵 饰）本是如来佛祖座前日月神灯的灯芯（白天是紫霞，晚上是青霞），二人虽然同一肉身却仇恨颇深，因此紫霞立下誓言，谁能拔出她手中的紫青宝剑，谁就是她的意中人。紫青宝剑被至尊宝于不经意间拔出，紫霞决定以身相许，却遭一心记挂白晶晶（莫文蔚 饰）的至尊宝拒绝。后牛魔王救下迷失在沙漠中的紫霞，并逼紫霞与他成婚，关键时刻，至尊宝现身。

　　嘉辉（张达明饰）特别懒惰，自己想改变这些惰性却无法实现，终于被上司炒鱿鱼，只能在儿时好友俊伟（王荧欣）的照料下度日，在嘉辉28岁生日那天，嘉辉独自坐在餐厅等俊伟时幻觉；看见自己惨死于枪下！果然，餐厅中突然有黑帮火拼，如预兆一样，子弹射向嘉辉，却自动改变方向射向俊伟，俊伟遇害，嘉辉的“不死能力”不断发生，每次都看见自己意外惨死，而每次惨死的都是他身边的人。连俊伟遇害后一直照顾他的方婶（罗兰饰）也不能幸免。这令他陷入无比痛苦之中，痛失好友的嘉辉尝试自杀，却不能伤着自己，遇见性感女郎马碧华（李蕙敏饰）后，艳遇不断。 马碧华努力劝说嘉辉去医院检查一下这种怪现象，但嘉辉认为是无稽之谈，然而，接触他的人接连惨死，周围的人陷入一片恐慌。

　　高尔博士是一名生化病理学家，正在研究基因遗传技术。高尔博士将这一技术秘密而又非法的在人类身上进行试验，并且最终成功的将蛇的基因和人类的基因融合在了一起，制造出了全新的物种——蛇人。富豪的儿子浩天患上了不治之症，命不久矣，而蛇人的出现成为了能够救浩天一命的唯一的希望。
　　蛇类基因除了可以救人外，还可以杀人。不法分子企图利用这种基因来谋杀公司总裁安德鲁，康复的浩天及时发现了这一阴谋，千方百计的想要阻止。期间，浩天一行人遭遇了接二连三的危险，屡次濒临死亡的边缘，最终，浩天成功的获得了录音证据，直指总裁路易斯想要杀人谋权的罪行。

　　美君（梅艳芳 饰）、秦哥（刘德华 饰）、小村（钟镇涛 饰）是城市雇佣兵。美君和秦哥青梅竹马，两人情投意合。而后来加入的小村也深爱着美君，美君对两人摇摆不定。美君执行任务，将老鹰双眼弄瞎。老鹰临死前让他的徒弟银狐（郭富城 饰）替其报仇。银狐追杀美君，小村为救美君而死，临死前将他的妹妹惠香（叶蕴仪 饰）托付给秦哥照顾，而银狐的一只眼睛也被美君弄瞎。美君为了不连累秦哥，独自远走高飞。而秦哥则带着惠香，到处寻找美君的踪迹。直到有一天，美君的姐姐美慧（梅艳芳 饰）欺骗秦哥说，现在美君改名换姓为宠物夫人，正在比武招亲。秦哥赢了众人，才得知宠物夫人（刘嘉玲 饰）并非美君，只能拒绝和宠物夫人成婚，独自离去。后来他终于发现了美君的踪迹，然而此时银狐再次追杀上门。美君更中了银狐的“恐怖天使”毒药，24小时内即将毒发，而天下能解此毒的只有宠物夫人。秦哥只能抱着美君回去找宠物夫人.......