本片根据雾社事件史实改编。
　　1895年，《马关条约》割让台湾之后，日本遂即武力接收台湾，宝岛各地纷纷被攻破。而台湾山区因道路不通，原住民生活尚暂未受影响，雾社地区的赛德克人之中，马赫坡年轻一代的莫那鲁道（游大庆 饰）英勇过人，率族群与甘卓万人争斗不休。日人垂涎雾社地区的 丰富资源，试图染指但遭到赛德克人强烈抵抗，伤亡惨重，然终于借原住民族群之间的互相仇杀侵入了雾社。莫那鲁道只得忍辱投降，但心中的火苗从未熄灭。时间推至1930年，日本对于雾社原住民的“文明改造”历经多年，日语等所谓文明并未给予原住民平等的生活，日人的欺压和繁重劳作侵蚀着赛德克人的传统和尊严，多年的愤怒累积，终于在这一年全面喷发！

　　莫那鲁道（林庆台 饰）率领族人在公学斩杀异族血祭祖灵后，拥有了通过彩虹桥的资格，剩下来的，就是在英勇战斗后从容赴死。在日本方面，雾社的消息很快传达各处，陆军少将镰田弥彦率军队与警察组成的联合部队，迅速发起讨伐。马赫坡等社分头行动，利用地形优势和灵活战术给予日军先头部队重大杀伤。山地警小岛（安藤政信 饰）利用个人威望和部族矛盾成功劝说铁木瓦力斯（马志翔 饰）连同部落加入日军阵营，协助围攻莫那鲁道。在开战初期，随部落向密林转移的妇孺为了不拖累战士们，纷纷自尽，在矛盾中痛苦的一郎亦选择了切腹。镰田弥彦对部队的缓慢推进大为光火，不惜使用糜烂性炸弹对付赛德克人。满山火光中，莫那鲁道迎来了最后决战的时刻……

　　遥远的南美洲巴西，经营照相馆的高桥（伊原刚志 饰）和为日裔儿童担当教师的妻子美雪（常盘贵子 饰）过着平静幸福的生活。但置身于第二次世界大战的背景下，任何幸福都脆弱不堪。虽然日本投降消息传来，可是以渡边大佐（奥田瑛二 饰）为首的绝大多数日本人拒不相信这个事实，加上鲜少有人听懂葡语新闻，他们更相信这只是帝国的宣传诡计。所有接受战败事实的日本人都被冠以“国贼”的罪名，而高桥则被渡边委以重任，负责肃清那些动摇军心民心的叛徒……
　　背景介绍：二次大战后巴西日本侨民的“胜组”肃清行动造成总计23人死亡，147人受伤，381被捕的惨剧。记者费尔南多•莫莱斯根据该事件创作了《肮脏的心》，本片根据该书改编。