数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，                                    
                               　　被分为银河帝国与自由行星同盟这两个                                    
                               　　拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。                                    
                               　　两国之间的抗争持续了150年，                                    
                               　　以无边无际的广袤银河为舞台，                                    
                               　　重复着无止境的战斗。                                    
                               　　银河帝国的门阀贵族社会的腐败，                                    
                               　　以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治                                    
                               　　侵蚀着两个国家。                                    
                               　　之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。                                    
                               　　“常胜的天才”莱因哈特·冯·罗严克拉姆，                                    
                               　　以及人称“不败的魔术师”的杨威利。                                    
                               　　两人率领着帝国军与同盟军，展开了不知道是第几次的冲突。                         

　　U. C.0097时期，“拉普拉斯事变”的纷争终结后，2架独角兽高达被秘密封印，新吉翁残党“袖章”也随之瓦解。就在人类逐渐走出战争带来的阴影之时，失踪两年的独角兽三号机“凤凰”突然现身，拥有颠覆世界秩序力量的它即刻引发了地球联邦军、吉翁袖章残党以及路欧商会三方势力的争夺狩猎，一场宇宙对决也即将拉开帷幕......