在第二季中，故事继续双线并进。在1945年的大阪，善慈被迫在二战期间为家人的生存做出危险的决定。而在1989年的东京，白所罗门从头探索全新的开始。
跟随年轻的勒罗伊·杰思罗·吉布斯 （Leroy Jethro Gibbs） 在 NCIS 彭德尔顿营办公室开始他的职业生涯，成为一名新特工。
