故事发生在明朝嘉靖年间，那时倭寇泛滥、海贼肆虐，南方沿海地区的百姓苦不堪言。本片以抗倭名将俞大猷为主角，讲述了青年时期的俞大猷识破倭寇与海贼的诡计，勇敢与之斗争，保卫民众和大明疆土的故事，表达了强烈的爱国主义情怀和浓烈的民族自豪之感。在本故事中，少年俞大猷经历了从稚嫩到成熟的蜕变，年少时的俞大猷只想名扬天下，做一名大侠，在与海贼、倭寇的斗争中，他逐渐明白了人生的意义，所谓侠之大者，当为国为民。长剑所指，当匡扶天下。
本剧讲述了自小在越女国长大的江湖侠盗宁无书与同伴妙空空劫富济贫行侠仗义时意外卷入一场阴谋危机，与越女国公主相识相知，一同解救民众对抗邪恶势力化解国祸危机，成为真正为国为民的侠义英雄的传奇故事。
南宋年间，八百里加急有少侠与飞云客栈的伙伴们协助大将军李显忠展开隆兴北伐，收复山河，却遭遇到副将邵宏渊嫉贤妒能从中破坏，最终导致北伐失败，有少侠等人抓获邵宏渊并协助百姓们及时撤退，等待东山再起。
血滴子、傀儡人夜袭杭州红花会总舵，红花会四当家文泰来被擒、总舵被毁。学剑归来的陈家洛于杭州遭遇杀手设伏追杀，几番缠斗追逃后被百花阁歌姬玉如意所救。陈家洛得知自己被传言已成为红花会新任总舵主，掌握着前朝福王宝藏的秘密。陈家洛将计就计，利用宝藏秘闻拉拢善于易容的玉如意。他们从官府小吏钱经历那里打探出文泰来正被关押在杭州秘狱。秘狱之外，陈家洛、玉如意巧遇红花会赵半山、骆冰、李瀚文。五人协力搭救文泰来，却发现中了圈套——文泰来早已被换走，现在狱中的是朝廷高手“火手判官”张召重。五人各显神通，拼杀突围，前往李瀚文山庄
十八年前，宅心仁厚的宁都城少城主返乡途中惨遭不明来历的人杀害，手下护卫泽兰、白清以及其儿子墨京下落不明，此事成了江湖悬案。十八年后，病危的老城主一则寻找遗失孙子的告示又打破了大漠的平静。 号称黑水“全城通”的京墨，生性顽皮，看似玩世不恭，但心思缜密，心地善良，以寻人探秘为生。时常救济一些孤儿和落魄的江湖人士。京墨无意中露出了母亲的金牌，没想到这引来了一波一波的江湖杀手。京墨在养母白清的帮助下与姐姐秋儿踏上去宁都城的寻祖之路，也是逃亡之路。与路途中结识的天龙客栈老板泽兰、思语在大漠上演了一段惊心动魄的旅程。
项白因捉弄县令被捕，彩英为求情陷入林素与 二皇子的阴谋中，因彩英与红衣长相颇为相 似，林素使其冒充彩戏国师红衣。项白出狱 后，为解救青梅竹马彩英前往顺京，循着线索 潜入云机社。红衣心腹周方被林素买通加害红 衣，却阴差阳错地被项白当成是彩英而救下。 红衣施展彩戏大法，醒来后失忆，只当自己是 彩英一路跟着项白及好友公输盘逃脱追杀，三 人来到公输盘家乡黑水村。黑水村民尽是亡国 遗民，项白等人在其恳求下同意解救在顺京为 质的夏帝，却没想到夏帝早已安于现状，众人 失落离开。红衣记起自己身份，识破林素偷天 换日的阴谋。项白和红衣决定兵分两路，解救 彩英并揭发林素阴谋，可惜因夏帝出卖，林素 早有准备，二皇子成功篡位，彩英也死于林素 之手……
