基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士，故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
董卓火烧洛阳后，关东联军与西凉军于虎牢关狭路相逢。关羽、张飞协助大哥三英战吕布，刘备终于一战成名。吕布暗中、要挟残兵协助自己暗杀董卓。残兵前往长安途中遭遇袁绍军，幸得刘关张相助，刘备误认撩原火为子龙。长安城内，残兵和吕布联手，对抗以李儒为首的西凉众将。双方斗智斗勇，李儒最终和董卓一同殒命。
秦灭汉起，百废待兴。诸子隐世，氏族势行。驱车逐鹿，弱肉何争？同心携力，主臣兼行。天命赐异，源于甘星，施于阴阳，异于静动。静者天行，缓而止争；动者袍泽，速若雷霆。捕星之计，谋策之心。甘星入世，衍造异人。奸者祸国，忠者祸身，道貌离合，莫再成臣。离经叛道，天下重分。采薇采薇，复始如周，采薇采薇，复始若秦。
