基因石被毁,不料基因石能量逸出,飘散到地球各处,引发了异常现象:森林树木变得更茂密,湖泊海洋闪发着光,电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故,武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士,故事从变形机甲、机甲兽和变异战士三方之间的斗争展开。
随着武魂融合技的锋芒消散,切磋赛最终以唐舞麟所带领的一年级组获胜而告一段落。片刻宁静后,一年级生们的期末考试也如期而至。学院提出的种种难题令众人捉襟见肘,唐舞麟等人也不例外。他们使出了各自的看家本领,为通过考试,跌跌撞撞的踏上了明都之行……