一心想成为幽灵猎人的天空寺尊于18岁生日时,收到来自十年前亡父生前所寄的幽灵眼魂(Ghost Eyecon)后,来自异世界的怪人——眼魔突如其来地出现在面前并盯上此物,甚至为救青梅竹马月村明里和御成而身亡。得到仙人的帮助之下而获得Ghost驱动器变身,成为假面骑士Ghost并得以九十九日短暂的生命复苏。为收集实现复活愿望的「15位伟人」眼魂,投身于影响世界命运的战斗中。
“上帝,世界今天依然健健康康地疯狂着。” 就读于东京都内私立高中的高一学生护郎,既没有“希望”、“梦想”,也没有“野心”。 有一天,护郎的手机收到了奇怪的通知:你被选中了,请说出你的愿望。 在许一个愿望后真实现的护郎面前,一个神秘的女孩拉尔出现了,她对一连串的事情感到混乱的护郎宣告残酷的命运。 护郎被“伟大的意志”选中,为了实现他的愿望,他将与其他神候选人竞争 "神 "的位置,互相残杀,直到只剩下一个。