《赛尔号之圣者逆袭》是《赛尔号》动画片的续集。讲述的是2110年,地球能源已接近枯竭,环境污染日趋严重。 为了实现地外星系探索计划,人类制造了名为赛尔的机器人,并建造能源探索飞船赛尔号,寻找传说中的无尽能源。可就在找到无尽能源的时候,无尽能源被宇宙海盗欧比组织摧毁,赛尔们不得不去寻找藏在宇宙深处,由谱尼看守的第二个无尽能源……
贫苦的侦探镝矢惣助,遇到了操纵魔法的异世界皇女莎拉。惣助开始了与莎拉的同居生活,莎拉很快就习惯了现代日本。另一方面,在莎拉之后被转移的女骑士莉薇亚,在流浪的同时,过着令人惊喜的生活。向前稳定生活的两个异世界人,不仅影响了惣助,也影响了鬼畜律师、分手公司工作员、宗教人士与住在这区的怪人们……